По идее всё, что можно сделать из Qsys, должно получаться просто из кода Verilog из командной строки. В том числе и подключение внешнего IP-блока. Но при условии, что там нет специальных лицензионных ограничений.

Вообще-то в открытом проекте нам не пристало использовать проприетарные IP-блоки. Может ну его нафиг, взять типовую реализацию Flash-памяти на внешнем чипе типа QSPI. К примеру: https://opencores.org/projects/qspiflash