Добавил в Platform Designer только On-chip Flash и JTAG UART. Сохранил компонент и подключил его к основному проекту через IDE.
Через IDE и через Makefile проект собрался!!! Скажем так задача "вычленить" получилась.
Но там требуется написать бридж в шину Avalon. Я набросок сделал, но пока не тестировал.

Попробую завтра. Начну с JTAG UART.